新疆上海科技合作基地（以下简称“合作基地”）由乌鲁木齐市政府、上海市科委、乌鲁木齐市水磨沟区政府共同出资，于2005年成立，秉承“创业者的天地、企业家的摇篮，东西部合作的桥梁”的服务宗旨，为新创办的中小微企业提供物理空间、基础设施和一系列专业化服务支持，最大限度降低创业者的创业风险和创业成本，提高创业成功率，促进科技成果转化，帮助和扶持中小微企业成长与发展。

合作基地是全国首家东西部合作共建的科技企业孵化器，是东西部合作交流的服务载体和平台，先后被国家科技部认定为“国家技术转移示范机构”、国家发改委认定为“乌鲁木齐小企业创业基地”、乌鲁木齐市劳动和社会保障局认定为“全国创建创业型城市一乌鲁木齐市创业孵化基地”、国家科技部认定为“国家级科技企业孵化器”。

合作基地坐落在乌鲁木齐市行政中心、水磨沟区总部经济圈内；拥有1.3万平方米孵化场地，拥有上海研发公共服务平台新疆服务驿站、上海技术交易所乌鲁木齐创新驿站、多功能学术报告厅、会议室、贵宾接待室、企业产品陈列室、中心数据机房以及公共商务区等；提供24小时保安服务，水、电、暖、消防、监控、光纤网络等配套设施完善，入驻企业会得到专业公司的物业管理服务。