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一、内容更多，规定更为详细。同盟海关法典共有8编50章372条，中文译文约13万字；而联盟海关法典共有9编61章465条，且有2个附件，中文译文约为43万字。一目了然，联盟海关法典涵盖的内容更多，规定更为详细。
同盟海关法典规定，诸多海关领域里的问题由各成员国法律自行规定，并签署有20个协定调整海关领域里诸如商品估价、旅客进出境行李物品监管等问题。这就造成各成员国海关管理制度差距较大。联盟海关法典将更多的海关管理权限交由欧亚经济委员会（下称委员会）负责实施，并将20个协定的内容直接在联盟海关法典内容中予以体现。
二、电子申报成为主要申报方式。同盟海关法典规定，货物申报可采用电子申报或者纸质申报单，但在实践中更多采用纸质申报单，电子申报仅是重复纸质申报单内容。联盟海关法典规定，货物采用电子方式进行申报，仅在特殊情况下（如停电造成海关信息系统无法使用）才可采用纸质申报单。因此，进出口企业足不出户，在办公室就可以通过互联网报关，而且可以减少与海关工作人员接触，对企业的便利不言而喻。
三、不需提交报关单填制所依据单证。同盟海关法典规定，在向海关递交申报单申报货物时，必须提交填制申报单所依据的单证。过去，提交一份进口报关单，往往需要提交20份有关单证；提交一份出口报关单，往往需要提交15份有关单证。联盟海关法典规定，在向海关电子申报货物时，不必提交货物申报所依据的单证，将为企业节省大量人力、物力和财力。
四、海关信息系统自动放行货物。同盟海关法典规定，货物放行必须由海关工作人员实施，海关信息系统无法自动放行货物。联盟海关法典规定，海关信息系统可自动放行货物。根据目前俄海关实践，如果一切正常，海关信息系统放行一批货物一般只需5分钟。这势必将大幅提高通关效率。
五、实施“单一窗口”制度。同盟海关法典规定，在向海关申报货物时，必须提交为了放行货物有关的单证和信息。而联盟海关法典规定，如果海关信息系统中具有这些单证和信息，或者海关可以从其他国家机关信息系统中获取这些单证和信息，则不必提供。当然，“单一窗口”制度要真正实施，取决于所有国家机关信息系统联网，这还需要较长一段时间。
六、大幅缩短货物放行时间。同盟海关法典规定，海关一般在登记申报单之日的下一个工作日放行货物，特殊情况下为4个小时。联盟海关法典规定，海关一般在登记申报单之时起4个小时内放行货物，特殊情况下为一个工作日。
七、扩大经授权的经营者权限。联盟海关法典规定，经授权的经营者有三种类型，每种类型享有不同的海关通关便利。同盟海关法典规定，只有申报人才能成为经授权的经营者。联盟海关法典规定，不但申报人，而且报关代理人、海关承运人、海关仓库所有人等都可以成为经授权的经营者。此外，经授权的经营者过去必须提供100万欧元的担保金，现在经授权的经营者根据其运营的时间长短，保证金最低只需15万欧元。联盟海关法典规定，可以与非联盟国家开展经授权的经营者互认。这为与非联盟成员国有关国家机关开展经授权的经营者认证合作从法律上赋予了海关权限。
八、规定网购商品免税进口限额。根据联盟海关法典规定，委员会可以规定网购商品免税进口的最高数量和最高价值限额，而各成员国可以规定比此价值限额更低的限额。
九、延迟缴纳海关税费。联盟海关法典规定，可以在货物放行后一个月内缴纳海关税费，但同时必须支付利息。在一些不可抗力情况下，可以延迟到6个月内缴纳海关税费。
十、延迟确定海关价值。对进口商品进行估价，是海关征税最为重要的环节。根据联盟海关法典，如果在海关申报时，难以准确确定货物海关价值，可以根据现有的单证和信息确定初步价值征税放行。在确定商品准确价值后，再补交有关税费。
